- Bước 1: Chủ trang trại hoặc người đại diện theo ủy quyền nộp hồ sơ tại UBND cấp xã nơi trang trại đang hoạt động.

- Bước 2: UBND cấp xã kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ, nếu hợp lệ UBND cấp xã  tiếp nhận hồ sơ và trao Giấy biên nhận cho người nộp hồ sơ trong đó ghi rõ ngày hẹn trả kết quả.

- Bước 3: Trong thời hạn 5 ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, UBND cấp xã kiểm tra và xác nhận Đơn đề nghị cấp đổi giấy chứng nhận kinh tế trang trại và chuyển hồ sơ xin cấp đổi Giấy chứng nhận kinh tế trang trại đến UBND cấp huyện. Trường hợp không xác nhận đơn đề nghị cấp đổi giấy chứng nhận kinh tế trang trại, UBND cấp xã phải trả lời bằng văn bản nêu rõ lý do không xác nhận cho người nộp hồ sơ trong thời hạn 3 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.

- Bước 4: UBND cấp huyện thực hiện việc cấp đổi Giấy chứng nhận kinh tế trang trại theo mẫu cho cá nhân, hộ gia đình trong thời hạn 3 ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ từ UBND cấp xã chuyển lên.

Giấy chứng nhận kinh tế trang trại sau khi cấp được chuyển cho UBND cấp xã và trả cho trang trại trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày cấp giấy chứng nhận kinh tế trang trại. Trường hợp không cấp Giấy chứng nhận kinh tế trang trại, UBND cấp huyện phải gửi văn bản cho UBND cấp xã, trong đó nói rõ lý do để thông báo cho người nộp hồ sơ trong thời hạn 2 ngày làm việc.

- Bước 5: Chủ trang trại hoặc người đại diện được ủy quyền theo giấy hẹn đến nhận kết quả tại UBND cấp xã.

Nếu sau 13 ngày làm việc, kể từ ngày nộp đủ hồ sơ mà không nhận được giấy chứng nhận kinh tế trang trại hoặc không nhận được thông báo không cấp giấy chứng nhận kinh tế trang trại thì người xin cấp giấy chứng nhận có quyền khiếu nại theo quy định của pháp luật về khiếu nại tố cáo.